Nach der Flucht der Familie aus der Heimat wuchs er in Schleswig-Holstein auf, studierte Germanistik und Anglistik in Kiel und Freiburg. Theweleit gehörte Ende der 1960er Jahre zu den führenden Köpfen des Freiburger SDS und in den 70er Jahren zu den antiautoritären Sympathisanten der Frauen- und Ökologiebewegung.
1976 promovierte er zum Dr. phil. mit der Dissertation "Freikorpsliteratur. Vom deutschen Nachkrieg 1918-1923" und arbeitete als freier Autor und Wissenschaftler in Deutschland, den USA, der Schweiz und Österreich.
Er lehrte am Institut für Soziologie der Universität Freiburg und war 1998-2008 Professor für Kunst und Theorie an der Staatlichen Akademie der Bildenden Künste in Karlsruhe. Seine Lehrgebiete Theorie der Gewalt, Gender Studies und Mythen zur Erfindung Amerikas und Kolonialgeschichte bildeten auch den Stoff für zahlreiche Publikationen. Klaus Theweleit gilt international als einer der wichtigsten Analytiker der Grundlagen von rechtsradikaler Gewalt.
Redaktion Ronald Feisel