Die größte Verantwortung dafür tragen in den Augen vieler Historiker die obersten Generäle. Sie unterstützen Hitler nach seiner Machtergreifung, weil sie von seinen Kriegsplänen profitieren: Die Armee wird massiv ausgebaut. Am 1. September 1939 überfällt die Wehrmacht auf Befehl Hitlers Polen.
Mit anderen Einheiten wie der Waffen-SS geht die Wehrmacht in den Kriegsjahren eine mörderische Arbeitsteilung ein: Die Wehrmacht kämpft an der Front, Waffen-SS und Co. töten vor allem Juden im Hinterland und später in Vernichtungslagern.
Partisanenkrieg als Vorwand
Die Wehrmacht selbst tötet nicht nur gegnerische Soldaten, sondern auch massenhaft unbeteiligte Bürger unter dem Deckmantel der Bekämpfung von „Partisanen“ (verdeckte Widerstandskämpfer): Wenn die Wehrmacht abseits militärischer Gefechte angegriffen wird, ermorden deutsche Soldaten in der Folge zum Teil wahllos ganze Dörfer. Die Führung steht hinter solchen Mordaktionen, an denen sich auch viele einfache Soldaten beteiligen.
Nur ein Teil der Wehrmachtssoldaten begeht Kriegsverbrechen – wie viele genau, ist in der Forschung umstritten. Klar ist aber heute, dass die deutsche Armee als Gesamtorganisation und ihre Führung den Vernichtungskrieg der Nazis unterstützt und aktiv daran mitgearbeitet haben. Die Wehrmacht wird daher von vielen Historikern als "verbrecherische Institution" bewertet.